Die Handlung von *Witch Hat Atelier* spielt in einer fiktiven Fantasy-Welt, genauer gesagt auf der Zozah-Halbinsel, wo Magie durch das Zeichnen magischer Runen mit einer speziellen Tinte gewirkt werden kann. Dieses Wissen war einst allgemein verbreitet, bis eine Abfolge unzähliger Krisen, Kriege und Katastrophen zum „Tag des Pakts“ führte; an diesem Tag wurde die Große Halle der Hexen (Mahōtsukai no Dai Kōdō) gegründet. Fortan durften nur noch von der Großen Halle autorisierte Hexen und Zauberer Magie praktizieren oder deren Anwendung erlernen; ihr Wissen wurde vor der übrigen Bevölkerung – den sogenannten „Unwissenden“ – geheim gehalten. Sollte ein Unwissender die Wahrheit erfahren oder eine Hexe gegen die Regeln verstoßen, werden die entsprechenden Erinnerungen an die Magie gelöscht. Bestimmte magische Praktiken sind selbst innerhalb der Gemeinschaft der Magiekundigen untersagt, da sie Gefahren bergen könnten – etwa das Wirken von Magie oder das Zeichnen magischer Runen direkt auf den menschlichen Körper. Eine Ausnahme bildet lediglich die Magie zur Erinnerungslöschung, die zum Schutz des Geheimnisses gestattet ist.

Als Zeichen der Treue zu ihren Traditionen und Regeln tragen die Hexen der Großen Halle einen spitzen Hut ohne Krempe. Demgegenüber steht eine Gruppe abtrünniger Magiekundiger, die die Regeln des „Tags des Pakts“ ablehnen: die sogenannten „Hüte mit Krempe“ (Tsuba ari-bō). Sie agieren im Verborgenen, verhüllen ihre Gesichter mit Hüten, die eine Krempe besitzen, und setzen verbotene Magie ein.